1955年12月，5家镶牙馆联合组成了“牙科联合诊所”。

1978年5月，此所迁入位于共青团路的“东风卫生院”院内

1981年5月，经市中区人民政府批准，牙科诊所和东风卫生院合并，成立了集体所有制性质的“济宁市口腔病防治所”。

1988年9月，经市中区人民政府批准更名为“济宁口腔医院”。

1995年4月，经市卫生局同意，又增挂了“济宁市牙病防治中心”院牌，为济宁口腔医院的第二名称，同时济宁市牙病防治指导组办公室又挂靠口腔医院，从而又承担着全市牙病防治工作及其宣传、指导、协调。

2000年5月，医院和山东大学口腔医院签订了技术协作合同书，增挂山东大学口腔医院技术协作医院院牌。

2007年4月，秦庄院区开业（经纬大厦对过）

2011年4月，洋桥院区开业。

2012年1月，“儿童牙病科”被济宁市卫生局批准为重点专业。

2015年5月，高新区院区开业。