济宁口腔医院洋桥院区成立于2011年4月，位于济宁市任城区车站西路23号(小江南酒店西邻)，是一所颇具规模、体系完善、具有相应资质的口腔专科院区。院区占地面积1000平方米，建筑面积1500平方米。

济宁口腔医院高新院区成立于2015年4月，位于济宁市高新区科苑路19号（阳光城市花园东门），是一所规模较大、体系完善、科室齐全的院区。

济宁口腔医院秦庄院区牙体牙髓科是对牙体牙髓疾病进行诊断和治疗的专业科室，是本院的重点临床科室。

济宁口腔医院秦庄院区正畸科位于秦庄院区五楼。秦庄正畸科拥有一支临床经验丰富的口腔正畸医师团队，科室共有医护人员12名，其中副主任医师1人、主治医师4人、医师1人、技师一人、护理人员5人。

秦庄院区口腔修复种植科成立于1978年，位于任城区共青团路44号（秦庄路1号），毗邻济宁重要商业中心，地理位置优越，交通方便，是我院重要的分院布局之一。

济宁口腔医院秦庄院区牙周粘膜病科是鲁西南规模最大、技术最全、门诊人次最多的专业治疗牙周粘膜疾病的科室，承担济宁及周边十二县市牙周及口腔粘膜的诊疗工作，全市牙周预防、宣教工作。

济宁口腔医院口腔颌面外科从1956年建院至今，经过半个多世纪的发展，已经发展为鲁西南地区规模、技术、学术与教学等方面颇具影响力的专业科室。

济宁口腔医院儿童口腔科是济宁市卫生医药专业重点学科，是鲁西南地区的儿童口腔疾病诊治中心，秦庄院区儿童口腔科既有经验丰富的专家，又有硕士学历的中青年骨干